Indirekte Kosten bei Bezahlverfahren werden häufig nicht berücksichtigt. Zu diesen zählen beispielsweise Kosten, die durch verzögerten Zahlungseingang, Zahlungsausfall und Retouren entstehen, aber auch durch nicht vollständig automatisierte Prozesse. Händler unterschätzten damit die den Zahlungsverfahren zurechenbaren Kosten zum Teil massiv.
76 Prozent der Händler halten die Bezahlung per Vorkasse für ein günstiges oder sehr günstiges Verfahren. Dahinter folgen Lastschrift und Rechnung. Betrachtet man jedoch die Gesamtkosten – also unter Einbezug aller indirekten Kostenfaktoren –, ergibt sich für den Durchschnittshändler ein anderes Bild: Paydirekt ist in der Auswertung das günstigste Verfahren vor der Sofortüberweisung und der Vorkasse. Am teuersten ist die (ungesicherte) Rechnung, bei der die indirekten Kosten im Basisfall der Studie 85 Prozent der Gesamtkosten ausmachen.
Bei der Entscheidung über den Einsatz von Zahlungsverfahren sollten Händler neben den Kosten jedoch auch die Akzeptanz des Verfahrens auf Kundenseite sowie den Sicherheitsgrad der Zahlung beachten, rät Ibi Research. Da sich dies von Händler zu Händler unterscheiden kann, sei eine individuelle Betrachtung notwendig.